Πριν από τα οποιαδήποτε διαχειριστικά μέτρα απόκρισης για τη λήψη μέτρων με σκοπό την εξάλειψη ή μείωση των πιέσεων για ολοκληρωμένη διαχείριση απαιτείται η παρακολούθηση της οικολογικής ποιότητας των επιφανειακών υδάτων και της χημικής των υπόγειων υδάτων.
Συγκεκριμένα για τα επιφανειακά ύδατα (ποτάμια, λίμνες, μεταβατικά και παράκτια) απαιτείται δίκτυο σταθμών παρακολούθησης (άρθρο 8 της Οδηγίας) της οικολογικής και χημικής ποιότητας. Το δίκτυο πρέπει να σχεδιαστεί με τέτοιο τρόπο ώστε να επιτρέπει την ταξινόμηση των υδατικών σωμάτων σε πενταβάθμια κλίμακα σε χάρτη ή χάρτες σε επίπεδο λεκάνης απορροής.
Για τα παραπάνω απαιτείται η αναγνώριση και τυπολογία των συστημάτων των επιφανειακών υδάτων, η οποία περιλαμβάνει:
– Την αναγνώριση των συστημάτων επιφανειακών υδάτων, δηλαδή α) το διαχωρισμό στις κατηγορίες που ορίζονται στη Στρατηγική Κοινής Εφαρμογής, Κείμενο Κατευθυντήριων Γραμμών για την Αναγνώριση των Υδατικών Σωμάτων (Working Group on Water Bodies, 2003). Η αναγνώριση τους σε διακριτά στοιχεία (όπως λίμνη, ταμιευτήρας, ρέμα, κανάλι ή τμήμα αυτών, μεταβατικά ύδατα ή παράκτια ύδατα) βασίζεται κυρίως σε γεωγραφικούς και υδρολογικούς παράγοντες και στο καθεστώς προστασίας.
-Την τυπολογία των συστημάτων επιφανειακών υδάτων. Τα συστήματα επιφανειακών υδάτων κατατάσσονται σε τύπους με κοινά χαρακτηριστικά, σύμφωνα με το Σύστημα Α΄ή Β’ που ορίζεται στο Παράρτημα ΙΙ της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ. Η διαδικασία κατάταξης σε τύπους στηρίζεται στο καθορισμό υποχρεωτικών (Σύστημα Α, Β) και προαιρετικών παραγόντων (Σύστημα Β) (υποχρεωτικοί παράγοντες: υψόμετρο, γεωλογία, μέγεθος λεκάνης απορροής, γεωγραφικό πλάτος και μήκος ή οικοπεριοχή, προαιρετικοί παράγοντες: η μέση ετήσια θερμοκρασία, μέση ετήσια βροχόπτωση, η κλίση, κ.τ.λ.). Η ομαδοποίηση συγγενικών τύπων βάση βιολογικών παραμέτρων.
– Την Παρακολούθηση ποιοτικών βιοτικών και αβιοτικών παραμέτρων σε κάθε κατηγορία υδάτων. Οι παράμετροι που θα χρησιμοποιηθούν στην περιγραφή της κατάστασης πρέπει να είναι για τα επιφανειακά νερά : φυσικο-χημικές (θερμοκρασία, θολερότητα, διαλυμένο οξυγόνο, pH, BOD5, αλατότητα, ηλεκτρική αγωγιμότητα, αιωρούμενο σωματιδιακό υλικό και θρεπτικά (ολικός φώσφορος, αντιδρών διαλυμένος φώσφορος, ολικό άζωτο, νιτρικά και νιτρώδη, αμμωνιακά), υδρομορφολογικές [υδρολογικό καθεστώς (ποσότητα και δυναμική της ροής του νερού), συνέχεια ποταμού, παλιρροιακό καθεστώς, μορφολογικές συνθήκες των συστημάτων των επιφανειακών υδάτων (διακύμανση πλάτους και βάθους, σύνθεση του υποστρώματος, δομή των οχθών και της παρόχθιας βλάστησης)], καθώς και συγκεκριμένοι συνθετικοί και μη συνθετικοί ρύποι (ουσίες που περιλαμβάνονται στον κατάλογο ουσιών προτεραιότητας της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ (Απόφαση 2455/2001/ΕΚ)) και άλλες ουσίες αναλόγως με τις πιέσεις που ασκούνται στη λεκάνη απορροής. Οι παραπάνω παράμετροι πρέπει να στηρίζουν τις βιολογικές (υδατική χλωρίδα, βενθικά μακροασπόνδυλα και ιχθυοπανίδα).
– Ο χαρακτηρισμός της οικολογικής ποιότητας των συστημάτων επιφανειακών υδάτων. Αυτός πρέπει να εξάγεται από την πιθανή απόκλιση μεταξύ των μετρούμενων παραμέτρων στις υφιστάμενες συνθήκες και στις τυποχαρακτηριστικές συνθήκες.  Η ταξινόμηση και παρουσίαση της οικολογικής κατάστασης πρέπει να γίνεται σύμφωνα με το σημείο 1.4. του Παραρτήματος V της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ.
H ποιότητα στα εκβολικά ποτάμια συστήματα και όλα τα ανάντη σημεία των συμβολών των περισσότερων παραποτάμων έχουν μέτρια εως κακή ποιότητα είτε εξαιτίας της ρύπανσης είτε λόγω μορφολογικών τροποποιήσεων. Πρέπει λοιπόν οι Περιφέρειες να συλλέξουν δεδομένα παρακολούθησης, να αναγνωριστούν οι κατευθυντήριες δυνάμεις, οι σημαντικές πιέσεις, να εκτιμηθούν οι επιπτώσεις και η πιθανότητα αποτυχίας εκπλήρωσης των περιβαλλοντικών στόχων της Οδηγίας Πλαίσιο για τα Νερά ώστε να ληφθούν τα κατάλληλα διαχειριστικά μέτρα μέχρι το 2015.