Τα παραπάνω συνθέτουν τη «μαγική εικόνα» των θαλασσών μας, αλλά συνεχίζουν να επιβιώνουν μόνο από… τύχη, δεδομένου ότι δεν έχει εφαρμοστεί κανένα μέτρο για την ουσιαστική διαχείριση ή προστασία τους. Ενδεικτικά να αναφέρουμε ότι στην ευρύτερη περιοχή των ελληνικών θαλασσών, καταγράφεται η σχεδόν καθημερινή καταστροφή των λιβαδιών Ποσειδωνίας, από την παράνομη αλιεία, ενώ για τον ανασχηματισμό τους θα χρειαστούν περισσότερα από 100 χρόνια. Αντίστοιχα βλέπουμε να καταστρέφονται οι ύφαλοι ροδοφυκών, από τις νόμιμες πρακτικές αλιείας, ενώ λόγω του πολύ αργού ρυθμού ανάπτυξής τους (0,06-0,03mm/χρόνο), αποτελούν μη-ανανεώσιμο φυσικό πόρο. Οι περιοχές που καλύπτουν τα δύο αυτά ενδιαιτήματα, δεν έχουν χαρτογραφηθεί στις ελληνικές θάλασσες, με αποτέλεσμα να μην είναι δυνατή η προστασία τους, μέσα από τον καθορισμό αλιευτικών πεδίων και την εφαρμογή άλλων σχετικών μέτρων. Εξίσου ανυσηχητικές είναι οι καταγραφές εκβρασμών και θανατώσεων θαλάσσιων θηλαστικών και χελώνων. Στις αρχές του 2008, καταγράψαμε 45 εκβρασμούς και θανατώσεις σε διάστημα τριών μηνών.
    Σε μία εποχή όπου όλες οι χώρες, ακόμα και οι λεγόμενες αναπτυσσόμενες, προσπαθούν να αναδειχθούν μέσα από την αειφόρο ανάπτυξη και τη προβολή του φυσικού τους πλούτου, θεσμοθετόντας διαφόρων μορφών προστευόμενες περιοχές, η Ελλάδα, η οποία λόγω της θαλάσσιας βιοποικιλότητας της θεωρείται «κιβωτός των ευρώπαικών θαλασσών» όχι μόνο αγνοεί αυτή την εξαιρετική δυνατότητα ανάπτυξης, αλλά και απειλεί με δραματική υποβάθμιση τα θαλάσσια οικοσυστήματά της. Είδη και ενδιαιτήματα που κατάφεραν να επιβιώσουν στις θάλασσες μας για χιλιάδες χρόνια, σε ισσοροπία με τις ανθρώπινες κοινωνίες, μέσα σε τρεις μόνο δεκαετίες κινδυνεύουν με αφανισμό. Εξίσου όμως κινδυνεύουν και οι ανθρώπινες κοινωνίες των νησιωτικών και παράκτιων περιοχών, δεδομένου ότι η οικονομία τους εξαρτάται από τον τουρισμό και την αλιεία, και συνεπώς απειλείται από την καταστροφή των φυσικών πόρων. Το τελευταίο συνεπάγεται τη μετανάστευση των κατοίκων σε αστικά κέντρα και την ερημοποίηση των νησιωτικών περιοχών.
    Πρέπει να συνειδητοποιήσουμε ότι η θεσμοθέτηση θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών, είναι η μόνη λύση για τη διατήρηση του σπάνιου θαλάσσιου πλούτου μας, ενώ παράλληλα μπορούν να αποτελέσουν έναν πολύ σημαντικό μοχλό ανάπτυξης για τις νησιωτικές και παράκτιες περιοχές. Όμως τα δύο θαλάσσια πάρκα που υπάρχουν σήμερα στην Ελλάδα, είναι δυστυχώς παράδειγμα προς αποφυγή: Το θαλάσσιο πάρκο Ζακύνθου το οποίο χαρακτηρίζεται από λαθεμένο σχεδιαμό, δεν προστατεύει με κανέναν τρόπο τους χώρους αναπαραγωγής της Καρέττας, ενώ διατηρεί χαμηλής ποιότητας μαζικό τουρισμό που δεν έχει καμία σχέση με το πάρκο. Η τοπική κοινωνία, η οποία (εκτός λίγων εξαιρέσεων) δεν συμμετέχει και συχνά εναντιώνεται στο πάρκο, δεν έχει συνειδητοποιήσει όχι μόνο την περιβαλλοντική, αλλά ούτε και την οικονομική σημασία που θα μπορούσε να προσφέρει αυτή η προστατευόμενη περιοχή. Δεν είναι δυνατόν σε ένα πάρκο, να θέτονται μόνο περιορισμοί και απαγορεύσεις, χωρίς να καθορίζεται ο τρόπος με τον οποίο η προστασία μπορεί να προσφέρει ανάπτυξη, και να αναμένουμε να υπάρχει κοινωνική αποδοχή της προστατευόμενης περιοχής. Δυστυχώς τόσο ο σχεδιασμός του Πάρκου Ζακύνθου, όσο και ο φορέας διαχείρισης, είναι τουλάχιστον ανεπαρκής.
Το πάρκο των Βορείων Σποράδων δημιουργήθηκε με πολύ καλύτερες προυποθέσεις, βάση της αποδοχής και συμμετοχής των τοπικών κοινωνίων, όμως είχε αντίστοιχα ανεπαρκή σχεδιασμό και αφέθηκε για χρόνια στην τύχη του χωρίς φορέα διαχείρισης. Αντί όμως το πάρκο να επικεντρωθεί στο σύνολο της ξεχωριστής βιοποικιλότητας που στηρίζουν τα θαλάσσια και παράκτια οικοσυστήματα της περιοχής, επικεντρώθηκε μόνο στη Μεσογειακή φώκια, γύρω από την οποία αναπτύχθηκε ένας απαράδεκτος οικοτουρισμός, δεδομένου ότι είναι είδος που αποφεύγει με κάθε τρόπο την ανθρώπινη παρουσία. Έτσι βλέπουμε τουριστικά σκάφη να «επισκέπτονται τη σπηλιά της φώκιας» και πολλά άλλα αντίστοιχα, που σχολιάζονται ιδιαίτερα αρνητικά από τη διεθνή επιστημονική κοινότητα.
    Αν θέλουμε λοιπόν να προστατεύσουμε πραγματικά το σπάνιο φυσικο πλούτο των θαλασσών μας, είναι απαραίτητο να προχωρήσουμε στη δημιουργία μίας νέας μορφής θαλάσσιων πάρκων. Πρέπει να δημιουργήσουμε θετικά παραδείγματα θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών, από τις οποίες θα επωφελούνται τόσο τα θαλάσσια οικοσυστήματα, όσο και οι τοπικές κοινωνίες. Ας μην ξεχνάμε ότι με βάση την περιβαλλοντική τους σημασία, οι ελληνικές θάλασσες, καθώς και οι νησιωτικές και παράκτιες περιοχές, θα μπορούσαν να ενταχθούν σε καθεστώς προστασίας και διαχείρισης, σχεδόν στο σύνολό τους.  
Με βάση τη διεθνή εμπειρία από τα επιτυχημένα θαλάσσια πάρκα, οι άξονες στους οποίους πρέπει να βασίζονται αυτές οι προστατευόμενες περιοχές, είναι:
–    η προστασία των οικοσυστημάτων στο σύνολό τους και όχι μεμωνομένων ειδών. Όταν το οικοσύστημα δεν είναι υγιές και σε ισσοροπία με τις τοπικές κοινωνίες, δεν είναι δυνατόν να προστατευθεί κανένα μεμονωμένο είδος που ζει σε αυτό.
–    Να μην τίθενται μόνο απαγορεύσεις, αλλά να εφαρμόζονται διαχειριστικά μέτρα, τα οποία να έχουν ξεκάθαρο χαρακτήρα προστασίας των οικοσυστημάτων, αλλά και ουσιαστικό αναπτυξιακό χαρακτήρα για τις τοπικές κοινωνίες.
–    Οι διαχειριστές των προστατευόμενων περιοχών να μην επιλέγονται με κριτήρια ελληνικού δημοσίου, ή άλλα πολιτικά κριτήρια. Αντιθέτως πρέπει να έχουν πλήρη γνώση και κατανόηση των περιβαλλοντικών, επιστημονικών, αλλά και κοινωνικών διαστάσεων της εκάστοτε προστατευόμενης περιοχής.
    Επίσης πρέπει να κατανοήσουμε την αναγκαιότητα δημιουργίας διακρατικών πάρκων. Τόσο στο Ιόνιο, αλλά κυρίως στο Αιγαίο Πέλαγος, δεδομένου ότι τα οικοσυστήματα και τα είδη μοιράζονται σε διαφορετικά κράτη, είναι αδιανόητη οποίαδήποτε έννοια μακροπρόθεσμης αειφόρου προστασίας, χωρίς τη σωστή συνεργασία και τον εναρμονισμό των διαχειριστικών μέτρων.
    Το Αρχιπέλαγος, στην προσπάθειά του να εφαρμόσει τα παραπάνω έχει προχωρήσει αφιλοκερδώς στην προεργασία για τις παρακάτω προστατευόμενες περιοχές:
Α. Εθνικό Πάρκο Βορείου Δωδεκάνήσου, το οποίο θα περιλαμβάνει την περιοχή 87 νησιών, νησίδων και βραχονησίδων. Για την καταγραφή του φυσικού πλούτου και των ανθρωπογενών απειλών, επιστημονική ομάδα του Αρχιπελάγους, εργάστηκε αφιλοκερδώς στην περιοχή για 6 χρόνια, με συνεχή παρουσία, καθ’ όλη τη διάρκεια του χρόνου, στα νησιά και νησίδες της Βορείου Δωδεκανήσου. Συνδιάζοντας τα επιστημονικά δεδομένα και τη συνεργασία με τις τοπικές κοινωνίες, αναπτύχθηκε μία σειρά πιλοτικών και καινοτομων μέτρων προστασίας και διαχειρισης. Το προτεινόμενο πάρκο θα προστατεύει το σύνολο των ειδών, από τα θαλάσσια λιβάδια Ποσειδωνίας και τα παράκτια είδη, τα ιχθυαποθέματα, καθώς και τους πληθυσμούς θαλάσσιων θηλαστικών της περιοχής. Επίσης θα διαχειρίζεται και τις μη- αστικές χερσαίες περιοχές, για την προστασία των οικοτόπων και ιδίως της ορνιθοπανίδας και χλωρίδας της περιοχής. Η ενεργή συμμετοχή των τοπικών κοινωνιών σε όλα τα στάδια διαχείρισης, θα εγγυηθεί την επιτυχή εφαρμογή των προτεινόμενων μέτρων.
Στην προεργασία που υλοποιησε το Αρχιπέλαγος για το πάρκο, υλοποίησε έρευνα με βάση την οποία θεσμοθετήθηκε Μόνιμο Καταφύγιο Άγριας Ζωής στην περιοχή 14 νησιών και νησίδων της βορ. Δωδεκανήσου, όπου εφαρμόστηκαν πιλοτικά μέτρα διαχείρισης, ενώ επίσης ενεργοποιήθηκε η συμμετοχή των τοπικών κοινωνιών. Επίσης στο πλαίσιο της προεργασίας, έγιναν συναντήσεις με την ηγεσία του υπουργείου περιβάλλοντος της Τουρκίας και με σχετικούς επιστημονικούς φορείς. Βλέπουμε ότι και από την τουρκική πλευρά, είναι κατανοητή η ανάγκη άμεσης συνεργασίας για την προστασία του Αιγαίου.
Εάν το πάρκο αυτό δεν προχωρήσει, το πρόβλημα δεν θα ξεκινάει από τις τοπικές κοινωνίες, ή από την έλλειψη επιστηνομικών δεδομένων, αλλά από τα εμπόδια που θέτει η ελληνική πολιτεία και ειδικά η γραφειοκρατική νοοτροπία του ΥΠΕΧΩΔΕ και του Υπουργείου Εξωτερικών.
Β. Περιοχές Αλιευτικής Διαχείρισης
Για να μπορέσει να επιτευχθεί προστασία και διαχείριση των παραγωγικών θαλάσσιων οικοτόπων, το Αρχιπέλαγος σε συνεργασία με την τοπική αυτοδιοίκηση της Σάμου και τους κοινωνικούς φορείς του νησιού, συμφώνησαν στην άμεση ανάγκη χαρτογράφησης των θαλάσσιων λιβαδιων Ποσειδωνίας και των υφάλων ασβεστολιθικών ροδοφυκών. Η χαρτογράφηση θα ξεκινήσει τον επόμενο μήνα στη νότιο Σάμο, θα καλύψει σε πρώτη φάση βάθη έως και 100μ. Ως αποτέλεσμα θα έχει τον καθορισμό αλιευτικών πεδίων, για τους διάφορους τύπους αλιευτικών εργαλείων.
Το Αρχιπέλαγος βρίσκεται σε συζήτηση με την αυτοδιοίκηση και τις κοινωνίες άλλων νησιωτικών περιοχών, για την εφαρμογή αντίστοιχων μέτρων, ενώ παράλληλα ενθαρρύνει σχετικούς περιβαλλοντικούς φορείς να εξοπλιστούν και να στελεχωθούν κατάλληλα, έτσι ώστε να μπορούν να υλοποιούν αντίστοιχες χαρτογραφήσεις.