Με την είσοδο της Ελλάδας στην ΕΟΚ, φάνηκαν τα πρώτα σημάδια «ανεπάρκειας» και ανάγκης εκσυγχρονισμού του συστήματος προστασίας της βιοποικιλότητας, το οποίο μέχρι τότε είχε περιοριστεί στην προστασία των κηρυγμένων εθνικών δρυμών. Πορεία που λογικά θα έπρεπε να κινηθεί παράλληλα με την προσαρμογή της χώρας στις νέες αναπτυξιακές και οικονομικές πολιτικές, ώστε να αξιοποιήσει έγκαιρα τις ευκαιρίες για διαμόρφωση μιας σύγχρονης στρατηγικής για τους βιοτόπους και τα είδη και να επιτύχει την εναρμόνισή της με τους άλλους τομείς της οικονομίας. Στην πράξη όμως, η πρώτη αυτή προσπάθεια της Ελλάδας προς τον εξευρωπαϊσμό είχε ως αποτέλεσμα μια γενικευμένη αδράνεια στον τομέα της προστασίας της βιοποικιλότητας. Τότε άρχισε και η αργή αλλά σαφώς φθίνουσα πορεία της δασικής υπηρεσίας που με δυσκολία πλέον ανταποκρινόταν στις διαχειριστικές ανάγκες των Εθνικών Δρυμών, ενώ η όποια πρόοδος στον τομέα της προστασίας του φυσικού περιβάλλοντος περιορίστηκε κατά την περίοδο εκείνη σε συγκεκριμένες νομοθετικές ρυθμίσεις, όπως η υπογραφή Προεδρικού Διατάγματος με γενικόλογη κατεύθυνση την προστασία ενός μεγάλου (αλλά αντιπροσωπευτικού της ελληνικής βιοποικιλότητας) καταλόγου ειδών χλωρίδας και πανίδας και η ψήφιση του περίφημου νόμου 1650/1986. Όμως, για σχεδόν μια δεκαπενταετία ο νόμος-πλαίσιο για το περιβάλλον παρέμεινε σε μεγάλο βαθμό ανενεργός, καθώς οι διατάξεις για τα εθνικά πάρκα ξεκίνησαν επί της ουσίας, αλλά δειλά, να τίθενται σε εφαρμογή μόλις το 2000 (με την ίδρυση του ΦΔ Εθνικού Πάρκου Ζακύνθου). Στη συνέχεια, το 2002, ιδρύθηκαν 27 Φορείς Διαχείρισης προστατευόμενων περιοχών, τα λεγόμενα «27 Εθνικά Πάρκα», οι οποίοι καλύπτουν το 25% του αριθμού των περιοχών Natura και το 30% της έκτασης του δικτύου στην Ελλάδα.
    Από το 2003, δυστυχώς δεν κύλησε πολύ νερό στο αυλάκι. Το θεσμικό υπόβαθρο των 27 εθνικών πάρκων εξακολουθεί να είναι εκκρεμές, η φύλαξή τους τουλάχιστον ανεπαρκής, η χρηματοδότηση σχεδόν απόλυτα εξαρτημένη από την ΕΕ, η ρύθμιση ανθρώπινων δραστηριοτήτων ομιχλώδης και η υποβάθμιση των περισσότερων περιοχών Natura συνεχής και ασταμάτητη. Ουσιαστικά, οι περιβαλλοντικές οργανώσεις στην Ελλάδα λειτουργούν ως βασικοί εγχώριοι μοχλοί πίεσης για την προστασία των οικολογικά σημαντικών περιοχών, των απειλούμενων ειδών και εν γένει του βιολογικού πλούτου της χώρας. Κρίσιμος παράγοντας για κάθε πρόοδο στον τομέα των προστατευόμενων περιοχών είναι το «καρότο και μαστίγιο» της Ευρωπαϊκής Ένωσης, η οποία παρέχει μεν γενναίες χρηματοδοτήσεις για το φυσικό περιβάλλον, αλλά δεν διστάζει να κινήσει διαδικασίες παραπομπής στο ΔΕΚ σε περιπτώσεις μη συμμόρφωσης.